唐氏综合症患者伴随有器脏畸形变异的几率也较高，但并非所有并发症都会出现，也有完全没有并发症的例子。

  消化器官畸形，如先天性食道闭锁症，十二指肠狭窄，锁肛等。

  先天性心脏病，患病比率高达40%，尤其是心内膜不全比例较高，通常如果不进行早期治疗会有致命危险。

  白内障，患病率为2%

  急性白血病，患病率为1%

  环轴间接不稳定性，患病率2-3%

  甲状腺疾病，患病率3%

  点头癫痫，患病率10%

  一时性骨髓异常增生症

  眼异常，由角膜，水晶体异常引发近视，远视，乱视等

  浸出性中耳炎，容易在内耳积蓄液体引发耳炎，影响听觉